Fondée en 1819 par le Duc de Sutherland, propriétaire de plusieurs entreprises et industries dans le fief de Brora, dans les Highland, la distillerie Clynelish a suivi plusieurs changements de propriétaires avant d’être rachetée par DCL qui est devenue Diageo UDV.
En 1968, le groupe a construit une Clynelish B sur le site de sa consœur Clynelish A, (rebaptisée Brora en 1969).
Située dans un cadre champêtre et dotée d'une salle d'alambics entièrement vitrée donnant sur la mer, la distillerie Clynelish B triple la capacité de production de Brora grâce à ses 3 wash stills et 3 spirits stills.
La distillerie Brora va à partir de 1973 produire un malt de moins en moins tourbé et, par conséquent, de moins en moins indispensable pour ces propriétaires. Alors elle cesse totalement sa production en 1983.
Les bâtiments de l'ancienne distillerie servent aujourd’hui d'entrepôt à la nouvelle distillerie.
À ce jour, seul 1 % de la production de la distillerie Clynelish est vendue sous forme de single malt, tel que le Clynelish 23 ans de la gamme Cask Strength Collection ou le Clynelish 14 ans de la gamme Flora & Fauna.